MSI (Microsoft Installer): Este tipo de archivos tienen como única función el instalar una aplicación en un sistema operativo Windows, este podrá copiar y descomprimir archivos, añadir entradas en el registro, servidos y accesos directos.El archivo de tu sistema operativo encargado de realizar estas tareas será el MSIEXEC.EXE.
EXE (Executable): Este tipo de archivos no tiene necesariamente que ser un instalable, ya que también puede ser la aplicación en sí. Aveces funciona a modo de "bootstrap" y ejecuta de modo interno el Windows Installer (MSIEXEC.EXE) que tengas en tu sistema para realizar la instalación, o bien utilizar su propio instalador. En resumen, ejecutando un archivo con extensión .EXE tendrá más permisos.
A efectos de instalación, en teoría no debería de haber ninguna diferencia, aunque yo personalmente me fiaría más de un archivo con extensión .MSI ya que usaremos el propio 'instalador' que tenemos en nuestro ordenador.
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